在绝大多数情况下，抗生素并不影响疫苗的免疫应答，无论是减毒活疫苗还是灭活疫苗，也不影响免疫系统的功能。
但是也有个别例外。
在抗菌素方面，口服Ty21a伤寒活菌苗和卡介苗除外。使用抗菌药72小时后，才能口服Ty21a伤寒活菌苗。在口服Ty21a伤寒活菌苗后7天内，也不应使用抗菌药，以免影响疫苗效果。抗菌药物或免疫抑制剂可能干扰卡介苗的免疫反应，所以应在医护人员的监护下使用。在我国市面上，还没有Ty21a疫苗。
用于治疗或预防流感病毒的抗病毒药物对流感灭活疫苗的免疫应答没有影响。然而，流感减毒活疫苗应该在停用抗流感病毒药物48小时后接种，如果接种了流感减毒活疫苗，则不应在之后14天内使用抗病毒药物，以免影响效果。如果在接种流感减毒活疫苗14天内使用了抗流感病毒药物，则建议在使用药物48小时后重新接种流感减毒活疫苗。
抗疱疹病毒药物（如阿昔洛韦或伐昔洛韦）可能会降低水痘减毒活疫苗，带状疱疹减毒活疫苗的免疫效果，所以，如果可能的话，这些药物应在接种前至少24小时停止使用。并且在这些疫苗接种后14天不要使用。
没有数据表明常用的抗病毒药物对轮状病毒疫苗或麻腮风减毒活疫苗有影响。
以上参考美国ACIP的相关建议。
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